Wie bei jeder Operation, kann es auch hier zu Komplikationen kommen. Viel hängt vom individuellen Gesundheitszustand des Patienten ab. Da die Operation unter Vollnarkose durchgeführt wird, muss zunächst abgeklärt werden, ob Vorerkrankungen oder auch Medikamentenallergien vorliegen. Während der Schlauchmagen-Operation kann z. B. zu Verletzungen von Blutgefäßen oder der umliegenden Organe kommen.
